获得了一些拨款，但他已意识到门诊将来的收入将依赖于性功能障碍病人治疗部分的费用。科室里也不希望马斯特斯将所有时间都放在性爱门诊，而不承担教师以及外科医师的职责。他对工作的全然投入依然不能弥补这个缺口。另一个原因涉及约翰逊在他身边的位置。在发布他们关于人类性生理学的长期研究项目之前，比尔认为他们需要给吉尼弄一些学位证书，以与她至关重要的角色匹配。因为此前每一次当她想通过报名课程获得大学文凭并努力开始自己的学术生涯时，马斯特斯都会安排新任务来占据她更多时间。而作为单亲母亲带着两个小孩的她原本时间就不充裕。不过，尽管马斯特斯拼命请求，但是学校并未同意。一直都听不到任命约翰逊为医学院教员的消息，无论理由多么冠冕堂皇。这个特别的建议引起了有些人对他们的嘲笑和戏弄，无聊之辈重复着那段没有根据的关于她裸体影片的谣言。不久后，马斯特斯一直以来的拥护者向这些无法友好看待他们研究工作的人妥协了。“医院的当权者想要摆脱马斯特斯，因为他拥有非常清晰的研究照片，而这让医院管理层非常困扰。”他的前住院医师以及共同作者马文·格罗迪回忆说。

在华盛顿大学呆了20年之后，马斯特斯断定自己不能继续呆下去了。他不情愿地放弃了自己的终身教授职位以及在科室里的高层地位，只保留了名义上的从属关系。他结束了自己在医院中的外科工作，并最终将自己妇产科的所有病人都转交给了要好的同事约翰·巴罗·马汀。不再有任何条约，也不会有回头路。尽管乔治·华盛顿·科纳曾经建议他说，大学背景对于这样一个大胆的研究是必要的，但他又一次收获了艰难的一课——性爱的真实情况常常是让众人排斥的，包括那些在学术及医疗界的人。从现在起，马斯特斯决定和约翰逊独立出来面对这个多疑的世界。